Hiện nay, Bộ Y tế đang khẩn trương xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật về chế độ, chính sách trong chăm sóc sức khỏe đối với người nghèo, đồng bào dân tộc thiểu số. Cụ thể: Bộ Y tế đang xây dựng Thông tư hướng dẫn Quyết định 14/2012/QĐ-TTg ngày 01/3/2012 của Thủ tướng Chính phủ sửa đổi Quyết định 139/2002/QĐ-TTg về khám, chữa bệnh cho người nghèo; Xây dựng dự thảo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định quy định một số chế độ đặc thù hỗ trợ chăm sóc sức khỏe cho phụ nữ nghèo cư trú ở vùng sâu vùng xa là đồng bào dân tộc thiểu số...”.

Bộ Y tế đang tổ chức triển khai thực hiện Nghị địnhsố 85/2012/NĐ-CP ngày 15/10/2012 về cơ chế hoạt động, cơ chế tài chính đối với các đơn vị sự nghiệp công lập và giá dịch vụ khám, chữa bệnh của các cơ sở khám, chữa bệnh công lập. Hiện nay, Bộ Y tế đang dự thảo một số Thông tư hướng dẫn thực hiện Nghị định này.

Nhằm thực hiện đổi mới cơ chế tài chính đối với cơ quan hành chính và đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Bộ, Bộ Y tế đang triển khai thực hiện Nghị định số 130/2005/NĐ-CP ngày 17/10/2005 của Chính phủ quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan hành chính nhà nước. Các đơn vị thuộc cơ quan Bộ không chỉ nghiêm túc thực hiện theo Nghị định này mà còn ban hành Quy chế chi tiêu nội bộ làm cơ sở chi tiêu đảm bảo các hoạt động công vụ được thường xuyên. Về việc thực hiện Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2006 của Chính phủ quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập, hiện 100% các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Bộ đã có đề án được phê duyệt và đang triển khai theo quy định về tự chủ, tự chịu trách nhiệm đối với các đơn vị sự nghiệp công lập.

Ngoài ra, Bộ Y tế đang trong quá trình xin ý kiến cho các dự thảo các thông tư, thông tư liên tịch hướng dẫn thực hiện Nghị định 85/2012/NĐ-CP ngày 15/10/2012 về cơ chế hoạt động, cơ chế tài chính đối với các đơn vị sự nghiệp y tế công lập và giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh của các cơ sở y tế công lập.

Đối với việc thực hiện Luật Ngân sách Nhà nước, Bộ Y tế thực hiện đúng quy định của Luật này, triển khai phân bổ ngân sách năm 2014 cho các đơn vị trực thuộc Bộ, các Chương trình Mục tiêu quốc gia, các nhiệm vụ đặc thù của ngành; đồng thời ban hành công văn hướng dẫn các đơn vị tổng hợp đối chiếu Kho bạc Nhà nước về dự toán ngân sách năm 2013 và hướng dẫn xử lý số dư dự toán năm 2014 để tổng hợp báo cáo Bộ Tài chính xem xét, giải quyết. Bộ Y tế sẽ tiếp tục phối hợp với Bộ Tài chính và Kho bạc Nhà nước trong việc giải quyết dự toán của đơn vị, nhập dự toán cải cách tiền lương, quản lý hành chính.​